蜀山，锁妖塔，魔尊重楼来夺魔剑，以至塔顶崩塌，狼妖赤炎逃出，遇蜀山弟子徐长卿阻栏，两人交手，徐长卿中火毒。紫萱以自己的水灵解救徐长卿，重楼看在眼里，既对紫萱与徐长卿的这份情爱充满好奇，也在不知不觉间对紫萱暗生情意。及至后来，蜀山五长老先后被邪剑仙所杀，紫萱牺牲了自己封印锁妖塔，徐长卿成仙并做了蜀山掌门。（与《仙剑奇侠传三》密切相关）

十九年后，渝州唐家堡，蜀山弟子常纪的养子南宫煌从茅如松手中救下了一只被困在笼子里的桃形仙兽。南宫煌夺了茅如松的钱为蜀山派司徒钟（酒剑仙）买酒却反被盗空，因怀疑新安当景天之徒李三思（李逍遥之父）而与之相赌，二人不打不相识结为兄弟。

唐堂客栈门前，南宫煌巧遇镇北王之女温慧。温慧为逃避室韦族和亲而去蜀山求助，因此与南宫同行。到蜀山却惊遇蜀山地脉异变，气候异常。两人在偷听徐长卿密谈时，接触亲密，温慧害羞，拳打南宫而被徐长卿发现。思前想后，徐长卿决定派南宫上绿萝山见清冷仙人，以求解决蜀山地脉异常的方法，路上巧遇少女王蓬絮。实际上王蓬絮就是传说中的五毒兽，是南宫从茅如松手中救下的那只桃形仙兽，自此王蓬絮对南宫一见钟情，一直暗中跟随。

绿萝山，三人见到清冷与仙人殊明。正遇殊明向清冷索要五灵轮以达到自己不可告人的秘密，清冷得知南宫来意，逐走殊明，收南宫为徒并传给五灵轮，令其打通蜀山所有地脉。殊明见此，暗中打起利用南宫的主意。

蜀山此难，是有人暗中打通了火地脉，以致里外蜀山阴阳失衡。清冷之意竟是将其他地脉也逐个打通以达到重新平衡。在这个过程中蜀山损害会更加严重，而南宫更是要反复穿越里外蜀山数次，因而这件事，对于徐长卿，对于南宫煌都是极大考验。

打通少阳三焦，南宫三人初次进入里蜀山外城，与星璇、思堂相遇。南宫与星璇初相识，彼此莫名生出一种亲近感。星璇厨艺极佳，而絮儿又贪吃，而且没有对陌生的星璇产生怀疑，星璇因此对絮儿生出好感。进入厥阴心包，与候风鸟交手时南宫惊现狼身，因此惊惧而不敢回蜀山。殊明赶到助其还原本身。

来到胜州，巧遇雷元戈。曾经，雷元戈是胜州室韦族长，后失踪于纳林河源，成为鬼界勾魂卒。此次出现，是因徐长卿阳寿已尽而来取其魂魄，被族人怀疑而被捉，幸得南宫将其救下。为达成使命，雷元戈与南宫一起回蜀山。

经此一行，南宫对自己的身世充满了怀疑。他夜探藏经阁，巧遇徐长卿因蜀山之变也来查阅往事，并明白了紫萱为其安排的一切。雷元戈看准机会对徐长卿出手，意外发现徐长卿已成仙，因此自己在鬼界的使命也不可能完成了，只能在人界飘泊。

继续打通地脉，在阳名百纳遇血魂姬，南宫中了她的“回魂仙梦”。梦中，南宫来到京城，惊遇自己的亲生父母，终于明白了自己的身世。当年，母亲丝锻暗恋父亲狼妖赤炎，而赤炎却已与相国府小姐订亲。不想相国府联合蜀山派擒妖，相国小姐假嫁，实际上相国小姐已与温将军订亲（后生一女即为温慧）。新婚之夜，赤炎被投入锁妖塔，南宫被净明长老发现而遇险，丝锻舍命相救受伤，为救丝锻，净明将她带去蜀山。

在蜀山，紫萱依自己计划，将赤炎一分为二。没了法术的赤炎，与丝锻逃出，隐居于石村，生下两子（第二子周煌，即南宫煌）。另一半则是与徐长卿大战的狼妖赤炎（燎日），他拥有全部的法术，却失了记忆。后来，在石村，燎日找到隐居的赤炎，本想找回自己的记忆，却失手杀死了赤炎，丝锻因此殉情。为将长子周璇带入妖界，燎日强行将他移灵到父亲赤炎的尸身内，并带入里蜀山，即为星璇。因此星璇身体无知无觉，带毒且日渐衰弱。

阳名百纳，南宫先醒来，无意间听到了温慧与絮儿的梦话，意外发现絮儿对自己的暗恋，也得知了温慧逃婚的事。星璇为助南宫而来到双溪，遇到絮儿跌落，被魔界屠肆所捉，英雄救美而不敌，关健时刻重楼赶到杀死屠肆。在星璇的帮助下，南宫等人又打通了太阴归尘。思堂助星璇返回里蜀山，南宫等被送至蜀山故道。絮儿灵力不足，无法以人形出现在蜀山，只好化成“桃子”暗中跟随。

在蜀山故道，温慧之兄温策率大军等候并擒下温慧，温慧无奈，与南宫定下室韦之约。温策欲杀南宫，幸而“桃子”相救。“二人”又救下温慧。温策见状，欲炮轰蜀山，重楼赶到焚毁了温策的军营。

继续打通地脉，进入太阳华池遇机关拦阻，温慧在开机关时受伤，南宫对温慧关心使其感动，前来传话的雷元戈也对温慧产生了好感。夜里，蜀山花圃，南宫对桃形絮儿吐露心事时不幸被咬伤中毒，惊现狼身，絮儿表示不在乎南宫的身份，蓦地让南宫找到曾经自己的母亲丝锻暗恋赤炎的感觉。为化解南宫身上妖力，徐长卿送他们入锁妖塔取化妖水。锁妖塔内南宫遇险，重楼赶来相救，触景生情而想起紫萱，被南宫看破。南宫向重楼求破解太阳华池机关的办法，重楼带众人来渝州新安当，找到景天。景天将开机关的方法教给了南宫煌以帮助徐长卿。

回到蜀山，徐长卿助南宫化解妖力。殊明仙人赶到，骗取了一部分化妖水，于里蜀山建立魔界之门屠杀妖类，以达到向神界邀功的目的。温慧得知南宫身份后与南宫理论，一言不和而离开。在星璇与絮儿相助下，南宫又打通太阳华池，发现了蜀山前辈的石碑遗言，悟出了天地阴阳平衡的真谛。进入里蜀山，因絮儿不识字，南宫教会她写“情”字，间接向絮儿表白。

思堂发现了“魔界之门”，在破解的过程中受伤。星璇与南宫、絮儿一起入内将其破解，也终于识破了殊明的真面目。重楼赶到，南宫为星璇求解毒的方法，重楼知代价惨重而拒绝，南宫不满，以“问情”的难题使重楼尴尬。而温慧担心南宫，与雷元戈偷入少阴凝碧，遇到以怨女之魂为食的幽娘。幽娘化成假温慧以欺骗南宫，从而获取怨魂。不知情的南宫进入少阴凝碧后，险些杀掉温慧，幸雷元戈及时阻止，煌、慧也重新和好。

打通少阴凝碧，来到施洞，与苗女离宫相遇，无意间南宫等偷听了离宫的秘密，决定帮助离宫。几年前，陆北亭携未婚妻月纬来苗疆，在月光城遭妖兽袭击，陆北亭因惧怕而独自逃离，月纬被风灵兽所救，伤心之下嫁给风灵兽。陆北亭后悔，每次在月光城出现时入内与风灵兽决斗，遍体鳞伤后被送回，得离宫照顾，渐渐离宫对之倾心。南宫与温慧、絮儿、雷元戈入月光城，见到了风灵兽与月纬。陆北亭力斗风灵兽而身亡，离宫自杀殉情，风灵兽灵力耗尽，决意与月纬找到安静的角落以待孩子出生。正月十五之夜，月光城化龙飞向月光，带走了月纬夫妇，令南宫等人叹息不已。为了温慧，雷元戈入鬼界安排离宫与陆北亭来生相遇。

由于南宫等人已打通多条地脉，蜀山环境俞发严峻，蜀山弟子大多转恨南宫。南宫向独孤宇云（剑圣）和司徒钟说明了殊明的野心。受独孤委托，南宫再访清冷仙人，了解了清冷与殊明之间的恩怨。雷元戈设计，让殊明成为锁妖塔内的镇狱明王，再也无法离开锁妖塔，数十年后被闯入锁妖塔的李逍遥等人杀死（与《仙剑奇侠传一》相关）。继续进入地脉，少阳参天遇夕瑶。当年夕瑶造出唐雪见以追随飞蓬的转世，被神界发觉后形体被剥夺，只有精神残留，继续滋养神树，与飞蓬永世无法相见。夕瑶的无尽相思，令温慧、絮儿唏嘘不已（与《仙剑奇侠传三》相关）。

进入里蜀山，却找不到地脉入口，夜里四人共进最后的聚餐，互诉情肠，伤感之极。次日星璇带领南宫入内城，见到燎日，燎日暗中对南宫下毒。在思堂帮助下，众人进入最后的地脉厥阴蔽日。星璇在南宫遇袭时舍身相救，情感难抑，终于兄弟相认。地脉终于全部打通，阴阳重新平衡，蜀山恢复平常。借南宫之语，徐长卿悟出了自己的过失，决意归隐。

回到家后，南宫毒发，再现狼身而被发现，终于被逐下蜀山。司徒钟托南宫再入地脉后离去。南宫失落至极，去花圃找到絮儿吐露心事，絮儿惊闻南宫中毒，只好用刚成型的五毒珠为其解毒，留下“情”字后含泪离去，从此失去化为人形的能力。雷元戈返回，与温慧、南宫一起再入里蜀山见星璇，众人决意与燎日决战。却不知燎日所做的，足以使六界失衡的一切，仅仅是为找回失去的记忆。为达目的，燎日捉了温慧欲强行合体，雷元戈舍命相救而被燎日杀死。星璇强行进入燎日的身体，与之同归于尽，临死前托南宫寻找絮儿的下落。

经历了这一切，温慧也终于有了自己的选择，看清了自己的责任与使命后，她决定放下个人情感，去室韦族和亲，临行前提醒南宫在蜀山故道定下的室韦之约。

草原上，风正萧萧，南宫终于找到桃形的絮儿，以及她为自己留下的“情”字。他抱着“桃子”一起，向温慧和亲的车队走去。多少年后，后人在室韦国师的墓中，意外发现了许多桃状的陪葬品，猜测是与国师南宫煌相关之物……

注：剧情大致按照游戏进行顺序，以第一出场的女主角优先原则，取温慧结局，保留主线以及与系列相关情节。另，问情篇迷宫地图较大，剧情分散，为尽量保证连贯本文调整稍多，篇幅稍长。

文中的地图名称“少阳三焦、厥阴心包、阳明百纳、太阴归尘、太阳华池、少阴凝碧、少阳参天、厥阴蔽日”皆为蜀山地脉名称，来源于人体经脉之名。

《仙剑奇侠传3外传·问情篇》游戏全剧情