太元八年五月,为夺回被前秦占领的重镇襄阳,东晋桓冲率众十万亲攻襄阳。六月,荷坚遣征南将军巨鹿公符叡、冠军将军慕容垂等率步骑五万救援襄阳,兖州刺史张崇救援武当,后将军张蚝、步兵校尉姚苌救援涪城。符叡屯兵新野,慕容垂屯兵邓城,桓冲退守沔水。七月,张崇被东晋击败于武当,东晋掠二千户而回。符叡以慕容垂为前锋,进逼沔水,慕容垂以计惊退桓冲。张蚝兵出斜谷,东晋杨亮自涪城退兵。桓冲于是以桓石民为襄阳太守,戍守夏口,自为江州刺史。东晋的这次北上虽无显著战绩,却给了符坚南伐的借口。长久以来,前秦内部即因南伐灭晋之事争议极大,军政官员多主张不可伐晋,与符坚意见相左,但双方均无法说服对方。到了七月,符坚终于力排众议,下诏大举南下,民户每十丁出一兵；良家子二十以下,有材勇者,皆拜羽林郎,准备南下统一全国。

八月二日,符坚遣阳平公符融率张蚝、慕容垂、慕容暐等步骑二十五万为前锋,以兖州刺史姚苌为龙骧将军、督益·梁州诸军事。八日,兵发长安。九月初,荷融会合汝、颖地方驻军,兵进颖上,率领主力直扑淮南并分兵慕容垂、慕容暐西出江夏。十月,慕容垂攻拔郧城,斩晋将王太丘,与慕容暐会师后，进兵潭口。十一月，符坚主力在淝水被晋军击败,凡乎全军覆没,狼狈奔回淮北。此时慕容垂因并未直接参与淝水之战，故所部三万人没有受到损先，这给了慕容氏复国的希望。早在战前，慕容垂的侄子慕容楷、慕容绍即劝说慕容垂,“建中兴之业,在此行也”,慕容垂也深表同意。因此,当符坚战败后,率千余骑奔赴慕容垂时,慕容宝马上劝说慕容垂杀符坚，借此时机恢复燕祚,奋威将军慕容德、冠军行参军赵秋等亲党也劝说慕容垂杀符坚,但均被慕容垂以报符坚之德为由加以拒绝,并将兵权交予符坚。另一面,屯兵郧城的慕容暐得知符坚兵败后,弃众逃走,到达荥阳，此时慕容德因劝说慕容垂起兵不成,转而劝说慕容暐恢复燕祚,但慕容暐也拒绝了这一建议。

慕容农见慕容垂不愿杀符坚,又劝说慕容垂返回关东,借此恢复燕祚。慕容垂也深知再入关中的话,必难返回关东。因此在军队到达渑池后，即自请前往关东镇抚戎狄,并拜谒陵庙。符坚见慕容垂轻易交出兵权,拥戴自己,以为其必无二心,于是答应了这一要求。但尚书左仆射权翼却看到慕容垂的野心,劝说符坚不要放慕容垂返回关东,否则便无法控制其复起,关东必然叛乱。符坚以不能食言为由,拒绝了权翼的建议,反而遣将军李蛮、闵亮、尹国率众三千护送慕容垂返邺。权翼不甘心慕容垂轻易离去,秘密派遣壮士埋伏于黄河桥南。慕容垂也对符坚等人的态度颇有疑虑,于是转自凉马台造草筏渡河,派典军程同穿自己的衣服,骑自己的马,与仆人自桥过河,由此逃过权翼所设伏兵。

十二月，慕容垂到达安阳,派遣参军田山致书镇守邺城的长乐公符丕。符丕虽然怀疑慕容垂想借机叛乱但仍亲自迎接慕容垂。参军赵秋劝慕容垂杀符丕,据邺城起兵,慕容垂不从；而另一面,符丕也想袭击慕容垂,但被其侍郎姜让劝止,于是将慕容垂安顿于邺西。慕容垂立即与前燕旧臣密谋恢复燕祚，此时恰逢居于新安的丁零翟斌起兵叛秦,攻豫州牧、平原公符晖于洛阳。慕容凤及前燕旧臣子弟王腾、段延等听说翟斌起兵,也各率部曲投奔翟斌。慕容凤更击斩符晖将毛当,并进兵攻克凌云台戍,获得甲仗万余。符坚见状急忙诏慕容垂率兵讨伐石越劝说符丕不要交给慕容垂兵权,但符丕想借此机会使慕容垂与丁零两败俱伤,于是交给慕容垂老弱一士兵二千人,以及残破的兵器铠甲。又派遣广武将军符飞龙率领氐族骑兵一千人,名为慕容垂的副手,实则监视慕容垂。慕容垂又请求入邺城拜谒慕容氏宗庙,但符丕怕慕容垂借机为乱,不许其进城。慕容垂换装潜入邺城,杀死不许其拜庙的亭吏,烧亭而去。

慕容垂到达安阳杨池后,旧臣闵亮、李毗从邺城赶来会合,慕容垂由此了解至到符丕与符飞龙的密谋,于是以此激怒部众；并借口士卒太少,在河内招募士兵,旬日之何,部众即达八千人。平原公符晖遣使要求慕容垂迅速进兵，慕容垂趁机劝说符飞龙趁夜进兵,以攻其不备,符飞龙不知就里,听从了慕容垂之策。二十七日夜,慕容垂遣世子慕容宝率兵在前,慕容隆率兵跟随自己,而命令氐兵五人为伍进兵。慕容垂与慕容宝事先约定,以鼓声为号,前后夹击氐兵,尽杀之。此后,慕容垂将手下参佐家在关中的遣回,又上书符坚说明诛杀符飞龙的缘故。二十八日,慕容垂军渡过黄河,焚烧桥梁,招募士卒,使部队达到三万人。留可足浑谭在河内沙城召集士兵,自己誓师后兵进洛阳。

东晋太元九年（384年）正月,慕容垂考虑到洛阳四面受敌,并且北隔黄河,影响对于燕赵旧地的控制,因此决议北取邺城作为根据地,派遣建威将军王腾在石门建浮桥准备渡河。前燕故夫余王余蔚此时为前秦荥阳太守,与昌黎鲜卑卫驹率众降于慕容垂。慕容垂兵到荥阳后,部下均劝其称帝,慕容垂于是自称大将军、大都督、燕王,承制行事。以慕容德为车骑大将军、范阳王；慕容楷为征西大将军、太原王；翟斌为建义大将军、河南王；翟檀为柱国大将军、弘农王,余蔚为征东将军、统府左司马、夫余王,卫驹为鹰扬将军,慕容凤为建策将军。

后燕元年（384年）正月二十六日,慕容垂到邺,改前秦建元二十年为燕元年,服色朝仪皆恢复前燕旧制,并以前尚书段崇为右长史,郑豁等为从事中郎。此时慕容农率兵与慕容垂会师于邺,慕容垂即因慕容农所拜之官而授之。又立慕容宝为燕王太子,封从弟慕容拔等十七人及外甥宇文翰、舅子兰审皆为王；其余宗族、功臣封公爵者三十七人,侯、伯、子、男爵者八十九人。由此恢复了慕容燕国政权,史称后燕。

慕容垂与后燕：淝水之战后叛秦自立为帝