《ANIMA》的最后一部分，是围绕SEVA（超级初号机）梦境展开的。在阿尔玛洛斯被赫特比斯击败后，月球碎片黄泉比良坂坠落地球形成了黄泉比良坂新岛，而真嗣的本体SEVA就在这里。

在明日香通过真嗣的呼唤成功找回自己的生命情报回归本体后，对于作为EVA整合体的生活只有些许记忆，而特洛瓦也逐渐正常，在他们认为真嗣与SEVA一同沉睡在新岛的时候，诡异的事情发生了。

真嗣居然毫发无损的出现在学校中，NERV JPN的众人还发现，一踏入学校他们的衣装就会变为碇唯学生时期的校服，而且还出现了早已死去的珊柯和以珊柯外貌为原型的碇唯，虽然这里没有说明，但是按理来说SEVA中已经没有了碇唯的灵魂，只能解释为SEVA中真嗣的梦境，真嗣在当初为了击败阿尔玛洛斯引发的冲击，消耗了他的生命，他将冲击的力量压缩了自己仅剩的0.82秒生命融入SEVA形成了这场梦境。

NERV JPN的众人试了很多方法将真嗣唤醒，结果就是遭到梦境中的碇唯和珊柯的阻止，他们还遭到了突然出现的卡特尔嘲讽，实在没办法冬二只能求助还在观察期的明日香。起初明日香还想傲娇的拒绝唤醒真嗣那个笨蛋，但是冬二说出了一句话

“那里的真嗣好像对你的事一点都不在意一样。”

明日香直接就上钩了，也许是对当时意识空间中自己表达的爱意没被真嗣所在意而感到愤怒，她当天晚上就开始了行动。

关于EVA《ANIMA》的结局是怎么样的（1）