小说《AINMA》中山下育人大量描写真嗣的感情，首先是绫波丽五号（卡特尔）贴脸开大强吻真嗣，在到日常与明日香的调侃，是在小说中占比很重的。

在小说中真嗣得知丽是母亲碇唯的克隆体后有一段时间不敢面对她，几乎不与她交谈扣明日香在日常中相处的更久，但在卡特尔贴脸强吻后，他对丽的看法才有些许改变（要注意的是小说中只有三号丽和五号丽喜欢真嗣）不过紧接着明日香前往月球时失联，真嗣又开始把心思放在明日香身上。
在明日香变为赤红A1在非洲人体峡谷出现后，真嗣在无数的EVA残骸中寻找她，但明日香已经没有自我意识，但在真嗣的不断呼唤下她停下了脚步，等着他。
后来真嗣与卡特尔在与守卫者（一种类似与EVA的机体，可以参考以下图片）的战斗中被转移领域带到了镜像地球[苹果核]中。

在正个地方，丽（卡特尔）与真嗣一同生活了许久。后来在与seele化的加持战斗时卡特尔自愿代替三号丽（特洛瓦）来到加持身边（注意加持和卡特尔都是敌人）。
真嗣又与特洛瓦相处了一段时间，真嗣还在特洛瓦的两腿间睡着了。不过在进入到加持的转移领域时真嗣发现了明日香，她的生命情报化做一个实体来寻找他，她趴在真嗣怀里撒着娇，真嗣也十分开心，突然她又将真嗣推开，眼神看向别处又化做赤红A1离开了（真嗣在之前的战斗中与EⅤA融为了一体s2机关变为了他的心脏，不过堕天使阿梅勒斯夺走了他的心脏，明日香感觉到了阿梅勒斯的心跳，认为那才是真嗣便离开了）

后来明日香来到阿梅勒斯身边，被黑化成了守卫者A1，丽与真嗣的戏份又多了起来，特洛瓦曾因为真嗣不让她一同驾驶SEⅤA（加强版初号机）而对他表示不满意。
直到之后的黄泉比良阪之战中，真嗣在神秘空间中被明日香表白。（内容可以看我以前的明日香设定那期）此时明日香才通过朗基努斯环与宇宙透境而重塑肉身。真嗣也在同时发动第三次冲击与赫特比斯一同击败了阿梅勒斯。而真嗣也将自己剩余的0.83秒生命压缩在现实世界的学校中，组成了一个梦。

到这里感情路线就明显了，真嗣最后会和明日香在一起，明日香用自己的爱唤醒了真嗣，真嗣与SEVA化身为了使上最强机体，EVA最终号机与USEⅤA狼群一同

击败了重生在赫特比斯身上的阿梅勒斯（击败阿梅勒斯的人会成为下一个堕天使）。而有利于狼群E∨A的特殊性，阿梅勒斯不会再次重生。而真嗣也消耗了自己的寿命死去了。
有趣的来了，因为之前二号机与大量生命情报融为一体，其中就有真嗣的，因此真嗣与最终号机在二号机的肚子里被分娩出来，而明日香在意识到真嗣从哪里出来时羞红了脸，顺带给了他一脚。
到这里《ANIMA》的故事就结束了，真嗣最终与明日香双向奔赴，而丽也逐渐拥有了完善的人格心灵上得到补完。所从《ANIMA》的结局是非常好的（痞子来学下山下育人好吗[emot=zt,5xbna7fkhisrnhq/]）

以后将是他们的新世纪！
图片来源；百度

关于EVA官方小说《ANIMA》真嗣感情路线（剧情向）