第１话「再见面的人们」

一列两节的电车悠闲地行驶于箱根山区，

车内坐着身为主角的少年，碇真嗣。

他接到父亲的通知，正在前往第３新东京市的途中。

但，电车突然紧急剎车，

山中响彻了警报声，

全市宣布进入紧急状态，

山谷间出现了两个巨人，

他们就在刚下车的真嗣眼前展开了格斗战，

接着，葛成美里登场，将他救离了现场，

这场战斗在机械巨人『Evangelion零号机』

费尽力量勉强击退敌人之后结束，

金属巨人『使徒·Rajiel』则沉入湖泊中，

破损的零号机收容至不知名的某处。

真嗣由美里带领着，进入了建造于地下深处的人工进化研究所，

在那儿他遇见了律子和丽，

同时也见到了好几年未见面的父亲。

和Evangelion初号机见面的真嗣，

此时他才知道自己被选为操纵者。

谜之敌人——使徒『Rajiel』再次登陆，

在初号机进行出击准备时，

真嗣也在一头雾水的状况下听从父亲与大人们的指示，坐上了驾驶座，

结果，在连步伐都跨不稳的情况下，初号机出动迎击敌人。

在深夜的要塞都市，第３新东京市对峙的两个巨人，

之后所发生的事，使人们对自己创造出来的『EVA』所持有的力量，感到恐惧。

第２话「陌生的，天花板」

在与敌人战斗中，EVA失去了控制，而这却发挥了预定以上的力量，

真嗣爆发的情绪击毁了敌人，其后人们对EVA与使徒来袭的反应，

对真嗣而言，这是一个在陌生土地上与陌生人展开的新生活，

苏醒过来的战斗时的恐惧，美里与真嗣的交流。

第３话「第一通电话」

真嗣转学，在那儿认识的，最早的好友。

在第３新东京市的大规模迎击作战。

第４话「１４岁，启始之日」

真嗣的生日，对儿子也不说一句祝福话语的父亲，

担心真嗣的美里所下的决定，

对特务机关「NERV」成员的故事描写。

第５话「丽，心灵的彼方」

丽与真嗣的交流，展开强大力量的使徒的恐怖，

EVA的败北，研究所陷入危机。

第６话「决战，第３新东京市」

人类对使徒的总决战。EVA的反攻，真嗣开始稍稍理解NERV的成员。

第７话「人造之物」

由民间企业研发，完成实用化的EVA以外的人型兵器，

其实验的状况，NERV的疏远感。

第８话「明日香、来日」

明日香与EVA贰号机，以及加持的登场，战舰对巨大机械人

空母甲板上的格斗战。

前8话，上映版和原案的区别并不大，主要是明日香的第一个敌人从JA变成了鱼天使。

第９话「瞬间、内心、交叠」

首次的水中迎击作战，真嗣与明日香的交流，两机EVA的联合作战。

第１０话「在静止的黑暗中」

硏究所的机能停止，

失去电力的现代文明的脆弱感，

迎击使徒的时间惊悚剧。

第１１话「熔岩潜入者」

针对使徒NERV首次主动展开攻势，

为捕获使徒，EVA穿上特殊装备潜入熔岩内，

在灼热熔岩中的战斗。

第１２话「１８秒的奇迹」

向第３新东京市飞来，无法击落的使徒（大型炸弹），

生死存亡的危机，美里等人的舍身作战。

第１３话「恐怖之后来临的是」

成长之后真嗣遇到了大败北，EVA初号机重创，

真嗣被困在机体内。

第１４话「致死之疾，之后」

自重创的初号机救援真嗣的救出剧，

真嗣感到真正的恐惧，尝到绝望的滋味。

第１５话「真嗣，再次出击」

从恍惚状态，到再一次以自己的意愿乘上EVA的真嗣，

大改造后的初号机。

第9话至第15话，与原案相比，上映版本对调了胎天使和雨天使的出场顺序。

第15话增加了碇真嗣与明日香，加持良治与葛城美里之间的感情线。

第13话出场的夜天使推迟到了第16话，并且将3话的内容压缩成了1话，移除了初号机改造的设定。

第１６话「在敌人的心中」

为敌人捕获，首次与使徒交谈的真嗣，

在此解明使徒的部分目的。

第１７话「明日香，第一次约会」

第一次到游乐园的明日香，全篇都是美里过往的事，爱情喜剧风格。

第１８话「生命的，选择」

被使徒设计，而与好友驾乘的EVA３号机作战的真嗣，他所作的选择。

第１９话「男人的，战斗」

为保护真嗣而受伤的明日香，

看着她，真嗣开始自觉到身为男人的意识。EVA首次的空中作战，加持之死。

第２０话「NERV，诞生」

从德国送来的EVA５号机，

１５年前的回想，

揭开面纱的死海蒸发事件，NERV与EVA的开发秘闻，

真嗣父亲的故事。

第２１话「至少，像个人类」

以海底腐朽的战舰为舞台的水中战斗，遭敌人施以精砷攻击的真嗣，

真嗣母亲故事。

第２２话「猫与转学生」

首次登场的等比例人类型使徒（带着猫的美少年），

研究所遭侵入的NERV，对破坏人型使徒感到犹豫的真嗣，

研究所隐藏着的秘密被公开。

从第16话开始，除了东治驾驶3号机和渚薰登场，其他剧情被完全修改。

上映版本中完全修改了第16话，17话的剧情。

第19话中，真嗣重新驾驶EVA的原因从明日香因保护真嗣受伤修改为绫波丽自爆与加持的嘴炮。并将原案的空战改为在地下都市的陆战。加持之死被挪到21话。

第20话中为渚薰准备的5号机被删去，改为渚薰操控2号机。

第21话，遭到鸟天使精神攻击的人从碇真嗣修改为明日香。鸟天使从水下改动到太空中。

第２３话「人类补完计划」

明朗化的EVA与「人类补完计划」的秘密，

真嗣也知道了律子和父亲的真正目的。

第２４话「现在，契约之时」

倒下了的丽，

她的秘密也明朗化，

终于苏醒而自月球飞来之最强的１２个使徒，

与美洲大陆一起蒸发了的EVA６号机，

在其压倒性的力量前，人类了解了自己的无能。

人们归于虚无，契约之时来临了，

在绝望中的人性剧。

第２５话「Arka，应许之地」

一切事件的关键，

古代遗迹「Arka」，

拥有此处遗迹的研究所，

为阻止１２个使徒，

联合国高层决定放弃并破坏

「人类补完计划」，

真嗣之父的反对，

为了丽而留在研究所的真嗣一行人，

因不同目的而冲突的

人类们之故事。

最终话「唯一一个，精明的做法」

最后的结局，

以被破坏的研究所为舞台，

一切的谜与故事都在此作一结束，

最后以大团员收场。

到这里，上映版与原案已经完全是两个东西了，不过按照当时痞子的财务情况，最后一集的量产机大战12使徒的画面应该是做不出来的。

原案中的人类补完计划

人类早已企图取得能和神匹敌的力量了，而这也就是将成为本作品主轴的，国际大型计划『人类补完计划』。

在半世纪前成功地完成核融合而将「太阳」纳入自己手中的人类，接下来则拟了一个企图自己创造「完全的人类」的补完计划。

其目的乃是以科学造出神所拥有、禁忌的「生命树之果」，将「死」由人类身上去除；更企求能从人们所抱有的原罪·所有的束缚中将全人类解放出来。

提倡并推行此计划的是主角的父亲·碇源堂。

他在『人工进化研究所』中，竭尽全力地探求着完成终极进化之人类的姿态……。

[emot=zt,5x9hyjk83sd4wwg/]如果按照原案，那么结局肯定是碇真嗣X明日香，而绫波丽极有可能被设定成碇真嗣的妹妹。

一点私货：

不论世界线如何变动，碇真嗣与明日香总是会相遇的。

2016年由痞子指导的《新哥斯拉》中的彩蛋。

1995年《新世纪福音战士》TV初版剧情设定